Château Margaux malo veľmi búrlivú históriu. Pôvodne bol zámok pevnosťou v ústí rieky Gironde. Ako prvá začala spájať malé kúsky pôdy západne od dediny Margaux rodina Lestonnaců. Postupne sa Château Margaux dostáva až na špičku v Bordeaux.

Bohatstvo a sláva však s príchodom francúzskej revolúcie upadlo. Začiatkom 19. storočia bolo víno ďaleko za slávou napr. Château Lafite. Napriek tomu bolo v roku 1855 zaradené medzi štyri vína Premier Cru Classé. Až do roku 1879 prechádzalo vlastníctvo z jedného bankového domu na iný, než ho získal Comte Pillet-Will. V roku 1921 získava zámok Pierre Moreau.

V roku 1935 čiastočný podiel Fernand Ginestet a roku 1949 potom podiel celý. Postupne renovuje cele Château a rozširuje vinice. Tiež privádza na svet "druhé víno" Pavillon Rouge. V 60. a 70. rokoch minulého storočia sa Château Margaux dostalo na úplné dno. Jedným z kritikov bol aj mladý Robert Parker. V roku 1976 Ginestet po niekoľkoročných neúspechoch zámok predáva.

Nový grécky majiteľ, André Mentzelopoulos, celé Châteaux kompletne zrekonštruoval. V roku 1980 tragicky umiera a vedenie sa ujíma jeho dcéra Corinne, ktorá úspešne nadviazala na prácu otca. Kvalita vín počnúc ročníkom 1978 dokazuje, že vynaložené úsilie bolo opodstatnené a Château Margaux obhájilo svoje zaradenie do Premieur Cru Classé. Corinne sa v roku 2003 stala 100% majiteľkou Château Margaux, ktoré dnes vlastní celkovo 262 hektárov viníc.